Tuy nhiên, trên thực tế việc phân biệt khiếu nại và tố cáo là công việc không hề đơn giản. Sự phức tạp có thể do nhiều nguyên nhân, từ sự phân tích các quy định của pháp luật cũng như thực tiễn công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo, chúng ta có thể đưa ra một số tiêu chí để có thể phân biệt giữa khiếu nại và tố cáo, cũng như xử lý những tình huống có sự lẫn lộn giữa khiếu nại, tố cáo đang xảy ra trong thực tiễn. Cụ thể:

- Thứ nhất về khái niệm: Khiếu nại là việc công dân, tổ chức, cán bộ công chức đề nghị cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền xem xét lại quyết định hành chính, hành vi vi phạm hành chính của cơ quan hành chính Nhà nước, của người có thẩm quyền trong cơ quan hành chính Nhà nước hoặc quyết định trong kỷ luật cán bộ, công chức khi có căn cứ cho rằng quyết định hoặc hành vi đó là trái pháp luật, xâm phạm quyền, lợi ích hợp pháp của của mình. Còn Tố cáo là việc công dân báo cho cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền biết về hành vi vi phạm pháp luật của bất cứ cơ quan, tổ chức, cá nhân nào gây thiệt hại hoặc đe dọa gây thiệt hại lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của công dân, cơ quan, Nhà nước.

 Thứ hai về chủ thể: Luật Tố cáo thì chủ thể của tố cáo chỉ có thể là cá nhân, trong khi đó theo quy định của Luật Khiếu nại thì người khiếu nại là công dân, cơ quan, tổ chức hoặc cán bộ, công chức thực hiện quyền khiếu nại.

- Thứ ba về đối tượng: Đối tượng của khiếu nại là quyết định hành chính, hành vi hành chính hoặc quyết định kỷ luật đối với cán bộ, công chức. Còn tố cáo có đối tượng rộng hơn, đó là “hành vi vi phạm pháp luật của bất cứ cơ quan, tổ chức, cá nhân nào gây thiệt hại hoặc đe dọa gây thiệt hại tới lợi ích Nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của công dân, cơ quan, tổ chức”.

- Thứ tư về mục đích: Mục đích của khiếu nại hướng tới bảo vệ và khôi phục quyền và lợi ích hợp pháp của người khiếu nại, còn mục đích của tố cáo không chỉ nhằm bảo vệ và khôi phục quyền và lợi ích hợp pháp của người tố cáo mà còn hướng tới lợi ích của Nhà nước và xã hội.

- Thứ năm về cách thức thực hiện: Cách thức thực hiện của khiếu nại là việc người khiếu nại “đề nghị” người có thẩm quyền “xem xét lại” các quyết định hành chính, hành vi hành chính... trong khi đó, cách thức thực hiện tố cáo là việc người tố cáo “báo” cho người có thẩm quyền giải quyết tố cáo “biết” về hành vi vi phạm pháp luật.

 - Thứ sáu, giải quyết khiếu nại là việc xác minh kết luận và quyết định giải quyết của người giải quyết khiếu nại. Trong khi đó giải quyết tố cáo là việc người giải quyết tố cáo xác minh, kết luận về nội dung tố cáo, từ đó áp dụng biện pháp xử lý cho thích hợp với tính chất, mức độ sai phạm của hành vi chứ không phải ra quyết định giải quyết tố cáo.

-  Thứ bảy về hướng giải quyết sau khi rút đơn: Người khiếu nại rút đơn thì Cơ quan Nhà nước đình chỉ giải quyết. Còn khi người tố cáo rút đơn thì Cơ quan Nhà nước vẫn tiếp tục giải quyết vụ việc tố cáo nếu có căn cứ cho rằng hành vi bị tố cáo có dấu hiệu vi phạm pháp luật, hoặc người tố cáo bị uy hiếp, mua chuộc hoặc người tố cáo lợi dụng việc tố cáo để vu khống, xúc phạm, gây thiệt hại cho người bị tố cáo..